ראשית, עלינו להבהיר את השימוש המיועד במשאבת המיקרו. נדון בו בשלוש קטגוריות עיקריות:
1. אם משאבת המיקרו משמשת רק להפקת אוויר דחוס.
במילים פשוטות, הוא משמש רק לשאיבת ומילוי אוויר, ויציאת היניקה של המשאבה משמשת רק לעתים רחוקות. המקרה הזה פשוט יחסית. ניתן לבחור את הדגמים הבאים בסדר יורד של לחץ הפלט: PCF5015N, FAA8006, FAA6003, FAA4002, FM2002, FM1001. כמובן, יש לקחת בחשבון גם קצב זרימה ופרמטרים טכניים רלוונטיים אחרים.
2. אם המצבים הבאים חלים, יש לבחור במוצרי סדרת PHW600B או WAA:
שימוש במשאבת המיקרו כדי לפנות אוויר או ליצור ואקום, אך לפעמים מים נוזליים עלולים להיכנס לתא המשאבה.
המשאבה המיקרו צריכה להיות מסוגלת לשאוב גם אוויר וגם מים.
משאבת המיקרו משמשת בעיקר לשאיבת מים, אך לא רצוי להוסיף ידנית "מי פריינג" לפני השאיבה. (משאבות מים מסוימות דורשות הנחה ידנית לפני ההפעלה כדי לשאוב מים ממפלסים נמוכים יותר; אחרת, המשאבה עלולה להיכשל לשאוב מים או אפילו להינזק.) היתרון של סדרת PHW600B או WAA הוא בכך שהיא יוצרת ואקום כאשר אין מים, תוך שימוש בלחץ אוויר כדי לאלץ מים למעלה ואז להתחיל לשאוב.
בעת שימוש במשאבה מיניאטורית, לפעמים ייתכן שאין מים לשאוב, וכתוצאה מכך מצב "ריצה יבשה". כמה משאבות מים מסורתיות רגישות לנזק מ"ריצה יבשה", אפילו עד כדי קטלניות. עם זאת, סדרת PHW600B או WAA היא בעצם משאבה רב-תפקודית, המשלבת את הפונקציות של משאבת ואקום ומשאבת מים; יש המכנים אותה "משאבת מים ואקום". לכן הוא יוצר ואקום כשאין מים ושואב מים כשיש. גם הוואקום וגם שאיבת המים נמצאים בטווח הפעולה הרגיל, ואין סיכון לנזק מ"ריצה יבשה".